El Director General, Tomas Michel, es el responsable de la organización, la gestión y la representación de Cetaqua. El Director General, cuenta con seis áreas funcionales:

Dirección Técnica: responsable de la gestión de las seis líneas de investigación de Cetaqua. La Dirección Técnica debe asegura la calidad de los contenidos técnicos de los programas y un equilibrio adecuado de la cartera de proyectos y propuestas que realiza el centro.

Dirección de Programas de financiación: se responsabiliza de la detección de oportunidades de financiación externas, la confección y entrega de propuestas de proyectos, el control de los contratos relacionados con el programa técnico y el control de la gestión administrativa y jurídica de los proyectos en marcha.

Estrategia y Planificación: formaliza la estrategia de Cetaqua y realiza su seguimiento, planificando y coordinando los procesos, recursos y herramientas necesarios para el mismo.

Comunicación: que define y mantiene la identidad visual de Cetaqua y se responsabiliza de crear las herramientas necesarias para realizar la correcta comunicación de las actividades del centro.

Transferencia: que identifica el conocimiento generado en proyectos I+D+i con valor de ser transferido a las empresas o las administraciones.

Secretaría General: organiza y gestiona aquellas actividades de naturaleza transversal que afectan a la operativa diaria del centro. Dentro de sus responsabilidades se incluyen la gestión económica financiera, los aspectos administrativos, la gestión eficiente de las tecnologías de la información, así como todos aquellos aspectos relacionados con recursos humanos.