CETaqua dispone de un consejo científico-técnico (CCT), nombrado por el Patronato y que actúa como órgano asesor del Patronato. Su presidencia y vicepresidencia son rotativas entre los tres miembros fundadores.

Sus funciones son:

- Orientar sobre las políticas de búsqueda y proponer nuevas línias de búsqueda y desarrollo tecnológico.
- Ofrecer asesoramiento técnico sobre los proyectos que hay que llevar a cabo y sobre las posibilidades de financiación externa.
- Evaluar necesidades empresariales planteadas.
- Definir otras directrices estratégicas.
- Llevar a cabo todas las funciones que le pueda asignar el Patronato.