CETaqua dispone de un Consejo Científico-Técnico (CCT), nombrado por el Patronato y que actúa como órgano asesor del mismo. Su presidencia y vicepresidencias son rotativas entre los tres miembros fundadores. Sus funciones son:

- Orientar sobre las políticas de investigación y proponer nuevas líneas de investigación y desarrollo tecnológico

- Prestar asesoramiento técnico sobre los proyectos a realizar y posibilidades de financiación externa

- Evaluar necesidades empresariales planteadas

- Definir otras directrices estratégicas

- Realizar cuantas otras funciones pudiera asignarle el Patronato